《魔法少女奈叶SCEI》是一部在《魔法少女奈叶A's》结束后的恢弘平行世界史诗。故事始于五位来自异世界魔法学院的问题儿童——“五大恶人”因意外穿越，与高町奈叶、菲特·T·哈拉温、八神疾风因争夺危险结晶“暗魔晶”而相遇。从最初的激烈冲突，到理念碰撞后的相互理解，双方结下深厚友谊，奈叶三人也因此受邀进入古老而强大的霍格沃滋魔法学院学习。
在学院数年的岁月里，她们与“五大恶人”共同成长，经历了校园日常、理念对决、黑暗组织的威胁以及跨越千年的阴谋真相。她们的实力从S级一路晋升至SS+级，羁绊也淬炼得坚不可摧，更继承了昔日“救世神”尤莉安的遗志与隐秘组织“影魂”。最终，为应对EX级灭世危机，被选中的八人深入禁忌的“暗域”，在克服各自心魔、融合全部力量后，成功摧毁灾厄源头，被尊称为“星辰八仙”。
危机结束后，她们各自成长为次元世界的领袖，并矢志共同组建“机动六科”，将传奇与守护的誓言延续至未来。全系列完美融合热血战斗、深刻羁绊与文明史诗，讲述了一群少女如何将友情化为力量，从相遇、成长到共同肩负起守护次元星辰的宏大使命。